Dilahirkan di Bukit Gambir, Muar Johor pada 12 Februari 1985, Dato' Onn Jaafar merupakan anak kepada Menteri Besar Johor yang pertama iaitu Datuk Jaafar bin Haji Muhammad, jawatan yang turut beliau sandang apabila dewasa.

Beliau merupakan kerabat Istana dan pernah dijaga oleh Sultan Ibrahim Ibni Sultan Abu Bakar sebagai anak angkat. Bondanya yang di kasihi Ruqayah telah meninggal dunia ketika beliau berusia 7 tahun, ketika berusia 8 tahun, beliau telah melanjutkan pelajaran di Alderburgh Lodge School, Suffolk England bersama-sama putera Sultan Johor.

Pada 1910 sehingga 1911, beliau telah dihantar pula menuntut di Maktab Melayu Kuala Kangsar.